Исторические корни УГАТУ уходят в XIX век, так как прародителем университета был Варшавский политехнический институт, основанный в 1897 году и закрытый во время первой русской революции. Именно тогда в казачью столицу — Новочеркасск — были переведены денежные средства и личный состав Варшавского политеха. Поэтому УГАТУ по праву считает политехнический институт в Новочеркасске своим «дедушкой».
Официальная история вуза восходит к 1932 году. Тогда был основан Рыбинский авиационный институт, базой которого стал филиал Новочеркасского авиационного института, открытый в Рыбинске в конце 20-х годов прошлого века. Осенью 1941 года Рыбинский авиационный институт был эвакуирован в Уфу и в 1942 году переименован в Уфимский авиационный институт имени Серго Орджоникидзе.
В 1955 году институт в Рыбинске возродился под именем рыбинской авиационно-технической академии (РГАТА).
В 1982 году за заслуги в подготовке квалифицированных специалистов и развитии научных исследований вуз был награждён орденом Ленина.
В 1992 году УАИ получил статус технического университета.
